Pada 1997, STT Jakarta (sebelum berubah nama menjadi STFT Jakarta) telah membuka program studi magister ministri yang bertujuan untuk memperlengkapi pelayan dan warga gereja dengan studi teologi yang didesain sedemikian untuk lebih fokus kepada praktik pelayanan di gereja. Program ini telah meluluskan 196 lulusan sampai 2013. Banyak lulusan adalah para penatua, aktivis gereja, pensiunan, atau bahkan para pendeta penuh waktu. Mereka merasakan manfaat dari pendidikan ministri yang memang dikhususkan untuk bidang pelayanan, dan bukan akademik. Setelah terbitnya UU No. 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi, STFT Jakarta memutuskan untuk menutup program studi magister ministri karena pemerintah Indonesia belum memiliki nomenklatur gelar ministri. Karena patuh terhadap regulasi, STFT Jakarta menutup prodi tersebut.
Pada 2019, pemerintah mengeluarkan peraturan baru yaitu, Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 35 Tahun 2019 tentang Perubahan Kedua atas Peraturan Menteri Agama Nomor 33 Tahun 2016 tentang Gelar Akademik Perguruan Tinggi Keagamaan. PMA No. 35 Tahun 2019 mengizinkan kembali pembukaan prodi Magister Ministri (M.Min.) sebagai gelar vokasi di pendidikan keagamaan.
Karena itu, STFT Jakarta akan kembali membuka program studi ini di semester ganjil tahun ajaran 2025-2026, dengan durasi studi 4 (empat) semester, dengan mode hibrid (di kampus STFT Jakarta dan online). Program studi bisa ditempuh oleh warga jemaat dengan pendidikan sarjana dari bidang nonteologi.
Penjelasan program sepenuhnya akan segera ditampilkan. Untuk info, bisa hubungi baamagister@stftjakarta.ac.id